一般企业内部审计与外部审计（注册会计师）内容不重复，只要是会计师事务所进行了年度报表审计的，企业内部不再审计财务报表，而是利用外部审计的结果。除非有重大异议（如股东对审计结果不满意或有明显瑕疵）或非正常经营原因（合并、重组等），由股东会或董事会或上级决定，是否需要对会计报表进行重复性审计。
内部审计与外部审计的关注点不一样，内部审计更多的是从经营合理性角度审核（是否应花这笔钱），而外部审计是从经营合法性角度审核（是否符合会计法和税法）。
内部审计多为专题审计，如采购审计、离职审计、收支审计、效益审计等等。
内部审计的内容则具体包括：
1.查明企业内部数据是否真实可靠；
2.查明企业资产核算是否健全，并保证资产不受任何损失；
3.检查和评价会计、财务和其他控制职能是否健全和充分；
4.查明企业的政策、计划和规章制度是否认真执行；
5.评价企业各部门完成各项任务的质量；
6.提出改进经营管理的建议。
根据领导意图和需要，一般可以对下级财务报表审计，也可以在注册会计师审计前对同级财务报表预审
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