数学系的数学物理方程课程是在修了常微分方程和复变函数之后开设的，物理系的数学物理方法包含了一些复变函数的内容，并且更强调计算，包括傅里叶变换和拉普拉斯变换。而数学系的课程更侧重于对方程解的性质和结构的讨论。数学系一般使用的是谷超豪、李大潜等编写的数学物理方程教材。
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