我也是用ubuntu 12.04
我试过很多备份方法,最后我还是选择了系统自带的备份工具备份,当然,这个备份不了安装的软件,只能HOME所有的文件,包括一些隐藏掉的软件设置文件.
ubuntu最好还是重新安装好系统后,重新安装一次之前的安装的软件(其它你可以把你之前安装的软件记录起来,直接一命令批量安装就可以了,网络好的话很快就可以操作完成,我都是添加好PPA之后一条命令:sudo apt-get install 软件1 软件2 软件3),然后再恢复备份的文件,所有的软件设置和Home下的文件就会和你之前的一样了,
用自带的备份工具恢复不会出现权限问题,你恢复时使用备份的时候设定密码就行
权限问题的话基本上root用户权限都可以解决,应该不会很难吧。