建议你先学习下《归档文件整理规则》（DA/T22-2000），里面对归档文件的分类、编号、整理都进行了详细说明，仔细学习后对公司档案的整理应该比较了解了。
至于档案的保管年限，每个企业都应该根据自己企业的实际情况制定本企业的文件归档范围和保管期限表，把档案划分为永久和定期。你可以参考下《企业档案工作规范》（DA/T42-2009），里面有一个企业文件保管期限表，制定自己企业的文件保管期限表后，按表划分档案的保管期限就很容易了。
档案里的卷按照《档案工作基本术语》里描述，案卷(file):由互有联系的若干文件组合成的档案保管单位。现在的档案整理都是以件为单位，不用立卷了。
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