山东交通运输集团下设的二级单位有：山东省黄河航运局、济南市联运总公司、山东交运旅游集团有限公司、山东省小清河航运局、山东远东国际船舶代理有限公司、山东省航运物资公司、山东省运通港航工程公司、山东交通济宇高速运业有限公司、山东远东国际海运有限公司、山东交运港口物流在限公司等多家企业。
