现行准则规定预收账款情况比较少的企业可以不设“预收账款”账户，发生的预收账款计入“应收账款”相关明细账的贷方。在期末编制资产负债表的时候，不能直接按应收账款的总账余额填列，而应该将应收账款明细账中凡是有借方余额的，填列在报表的“应收账款”项目中，而应收账款明细账的贷方余额则填入“预收账款”项目中。
所以你公司的这种做账的方法可以，只是报表做得不对，将资产和负债抵消了，同时减少了资产和负债。只要将报表按明细账的余额方向调整出来就可以了。
严重是肯定的，因为同时虚减了负债和资产。而且预付和应收是完全不同性质的核算科目，预付是上游采购业务里的，应收是下游销售里的，不可以混淆在一起核算。即使像你说的期末把应收账款负值重分类到预收账款，报表也是不真实的。会计科目失去了它本来的效用，这样的记账方式也没什么意义了。
这是权责发生制和收付实现制的问题。只要清晰明白没关系
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