1、名为合作经营合同，实为违法转包合同；甲为中标公司，是总承包方，将施工义务全部转由乙方实施，违反《招投标法》和《建筑法》，甲乙双方的协议无效。
2、甲方转包后，收管理费（好处费）是建筑行业的通常作法，但前提是合法。
3、乙方的垫资视为工程款。
4、乙方为实际施工人，合同无效不影响工程款的索赔。
甲乙之间实际为挂靠关系。如本案，挂靠和内部工程管理之间的界限很难划分，具体要靠法院认定。
如果甲方能证明自身有参与本项目管理，例如组建了项目部即工地管理人员是甲方的人，参与工程会议尤其是与业主方之间的会议，对工地进行巡视、管理等，这些足以证明甲方是承包方。承包方有权聘请他人对工程进行实际施工，甲乙间合同有效。现实中很多情况是乙方为自然人，由甲方聘为项目经理，实际仍为挂靠，规避法律。
如果不能证明甲方对工程有实际管理，即认为是挂靠或者转包，甲乙间合同无效，甲方与业主间合同无效，乙方为实际施工方，有权向业主方要求工程款。
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