工会经费是根据工资来交的，只要是在分公司发工资就要交。印花税的计税依据是销售收入，你这个分公司自己开发票的话就要根据销售额来交印花税，总公司开票就不用交了。
印花税在你首次启用账本的时候就要交的，所以这一点事肯定的。
根据《工会法》的规定，工会经费的来源有五个方面：一工会会员缴纳的会费；二建立工会组织的企业、事业单位、机关按每月全部职工工资总额的百分之二向工会拨缴的经费；三工会所属的企业、事业单位上缴的收入；四人民政府的补助；五其他收入
只要企业发给的是“工资”，而不是发的奖金、津贴或补贴，就应按本人所得的工资收入计算交纳会费。会员缴纳的会费，全部留在基层，用于工会开展活动，勿需上交
所以是应该上交的，但是如果你做的工资工资表上不体现的话，他也就无从查起了
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