如果是因为你的原因造成公司没有年检，公司要求你赔偿是合法的。如果公司资料不全，你无法补全，你已经和老板提醒过，老板没有给你回复或者做出相应的措施造成年检过期的，那么老板要求你赔偿就不合法了。公司非法扣你工资，你可以向劳动监察大队投诉或者申请劳动仲裁。
走法律程序吧！咨询一下律师，是你的责任要有证据。工商局的人也可以作证，是因为资料不全。而并不代表你没有去办
其实你只要提交材料，除非公司有问题。工商局是不会罚你钱的。
如果当初公司有出具正式的委托书或者介绍信之类的文件，或者你在为工商局提交材料时有你的签字等等(也就是说有证据证明你干的事），那么你确实要负担一定的责任。
如果公司没有任何证据，.........你懂得
朋友，好好和领导商量吧，如果实在商量不通，扣发工资金额又高，那么你可以考虑走法律程序
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