征收的程序不同，比如征收的审批部门、补偿安置方案的作出部门；征收的主体不同，分别依据《土地管理法》和《国有土地上房屋征收与补偿条例》，当然，因此可见法律依据不同；评估的规定不同，国有土地有明确的关于评估的法律规定，及其相关程序，集体土地上的评估并非法律明确规定的；补偿的标准不同，因集体土地上的房屋仅被视为“地上附着物”，就这点来说，与国有土地上房屋的价值差别就很大。
