主要是对环境的生态情况调查和研究，通过微生物的学习从生态学上讲，可以对环境的细菌性污染、真菌性污染以及病毒性污染有一定的调查。生物学，环境学，生态学这几门学科的交集很多，相互交错，学好微生物对环境科学和生态学都有很大的帮助
涉及到微生物治理城乡污染水体等环保方面的，微生物的性能，代谢方式等为微生物原位修复提供了参考。所以了解这些微生物的知识，在环境科学这方面是很必要的
微观层面来讲，我们可以通过监测微生物菌落的形成情况和数量等来判断环境中的微生物指标是否达标，
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