变压器没有串联运行，也不能串联运行，变压器可以并联运行，也可以单独运行，并联运行和单独运行都可以分别控制两个车间（在低压用开关控制即可）。
变压器室不能串联运行的，只有可能分别单独运行或者并联运行。
不知道你所说分别控制两个车间是什么概念，在你厂的变压器设计的时候肯定就是考虑过每个车间单独使用一台变压器或者是一台变压器同时对两个车间供电的，这要看母线的连接方式，是单母线分段运行还是双母线运行的问题。
分别控制两个车间的意思可能是分别对两个车间供电，只要差一下原来设计的资料就可以知道如何运行了。
这些都是很基础很简单的东西，如果没有这方面的基础就回头补一下这方面知识吧。
动力变压器可以并联。也可单独运行。没有串联的。你还可以根据用电负载大小来适当的调整运行使用一台或两台同时运行
变压器只能“并联”，实际上就是两台变压器各自为一个车间供电，互不干扰。
——不能串联的……
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