A、生物形态结构的多样性，生命活动的多样性都是由多种多样的蛋白质体现的，是生物多样性的直接原因，A错误；B、氨基酸分子的多样性是R基的不同，B错误；C、基因转录形成RNA，基因的多样性决定RNA分子多样性，C错误；D、基因的多样性决定了生物种类的多样性，才形成了形形色色，丰富多彩的各种生物，D正确．故选：D．
