公司上海我也在上海工作但公司交的是深圳的社保这个合法吗？

社保只能在公司注册地缴纳。另外，按规定办理，公司在深圳为你缴纳社保。您也可以向劳动保障行政部门或者税务机关反映此类情况。
根据《社会保险费征缴暂行条例》（国务院令总理第259号）
第十条 缴费单位必须按月向社会保险经办机构申报应缴纳的社会保险费数额，经社会保险经办机构核定后，在规定的期限内缴纳社会保险费。
缴费单位不按规定申报应缴纳的社会保险费数额的，由社会保险经办机构暂按该单位上月缴费数额的百分之一百一十确定应缴数额；没有上月缴费数额的，由社会保险经办机构暂按该单位的经营状况、职工人数等有关情况确定应缴数额。缴费单位补办申报手续并按核定数额缴纳社会保险费后，由社会保险经办机构按照规定结算。
第十二条 缴费单位和缴费个人应当以货币形式全额缴纳社会保险费。缴费个人应当缴纳的社会保险费，由所在单位从其本人工资中代扣代缴。社会保险费不得减免。
第十三条 缴费单位未按规定缴纳和代扣代缴社会保险费的，由劳动保障行政部门或者税务机关责令限期缴纳；逾期仍不缴纳的，除补缴欠缴数额外，从欠缴之日起，按日加收千分之二的滞纳金。滞纳金并入社会保险基金。

原则上不合法.因为养老只要是按你工资缴的，还没有什么太大的问题，有问题的是失业、工伤、生育以及医疗。
一旦这4种情况之一发生，你没有办法享受相应待遇。
你问下单位人事，为什么这么参保？