关于基因工程试验中设计引物的问题。

CDS全称coding sequence，指编码序列，天然的翻译过程中，只翻译CDS，也就是说绝大多数蛋白的CDS都是以AUG（起始密码子，设计引物时用ATG）开头的以UAG,UAA,UGA（终止密码子，设计引物时用TAG，TAA，TGA）结尾的，你设计引物的目的是为了最终表达这个蛋白酶么？如果是，那根据CDS设计引物就可以了，我可以给你打包票没问题。CDS上游和下游的序列在基因工程表达中没有用的。你看下公司设计的引物是不是从CDS的两头设计的，如果上游引物和CDS的前22个碱基能对上就说明上游引物没问题。
还有一点你要注意，如果你将来要表达所用的表达载体是HIS*6标签用以纯化的，你的看看下游引物扩增的目的片段是否存在终止序列，如果存在，那么将来表达的时候HIS*6标签无法和你的目的基因融合表达，也就是说你表达的蛋白不能用镍层析柱进行纯化。

如果两条引物都在基因的中间位置，那只有一种可能就是他们设计的是测序引物，并非PCR扩增引物。
你需要说明你的实验目的，先扩增然后测序验证？还是直接测目的基因的某个EXON、SNP之类的。。。

我觉得要看你实验目的，我现在如果你想是得到1240bp的目标基因，直接用引物设计软件设计就行了。从你的描述上来看，可能是生工不太明白你的目的。先把你的问题明确的告诉我，这样好回答。

你的序列里是不是有外显子和内含子存在呀？他们是设计的CDS区吗？
首先，你要确定你的序列是从哪里扩增，如果是cDNA的话，那么只要设计这个基因的全长1240bp就可以了，但是如果是在基因组中扩增的话，那么你要把内含子给去除掉。可能引物设计就要多个了。