黑龙江烟草工业有限责任公司隶属于中国烟草实业发展有限责任公司（简称中实公司）。中实公司隶属于国家烟草专卖局下属的一个法人实体企业，和各省级烟草工业公司平级（正厅级）。中烟实业管辖黑龙江烟草工业有限责任公司，红辽集团，蒙昆集团，山昆集团，吉林烟草工业有限责任公司，甘肃烟草工业有限责任公司，海红集团和深圳卷烟厂八家烟草工业企业。
烟草公司和当地烟草专卖局是一套班子两块牌子，属于“政企合一”的企业，和本地区工商局同级，不归其监督管制。烟草系统为中央直属管理，由上级烟草部门和当地政府统一管理，以上级烟草部门管理为主
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