小菌落？可能是它的卫星菌落 提质粒挑那种较大的菌落
建议你挑这两种菌落在 标记抗性筛选平板上再划线培养看看。如果两种菌确实菌落不同，又都能在抗性平板上长出来，那就用菌体扩一下你转化的目的片段，跑电泳看看有没有东西。是不是你培养基有问题？
