合同补充协议签署在后，一般以补充协议所约定内容为准。具体依据如下：
1、补充协议中一般都会在尾部写明“原合同与本补充协议不一致的，以本补充协议为准”；
2、《合同法》第77条规定，双方协商一致，可以对合同进行变更。补充协议签署在后，与主合同不一致，应视为双方对主合同的变更，因此应以补充协议为准。
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以补充协议为准,所谓有约定从约定,无约定从法定,前面的购房合同为格式条款内容,从而由补充协议加以修正、约束。
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