我也遇到这样的问题,可以试一下下面的方法,我是这么解决的:
1、File->Switch WorkSpace->(new workspace)
2、Window->Preferences->Web Services->Axis2 Preferences->Axis2 runtime location
3、新建一个项目,勾选上Axis2
4、将新的Workspace路径下的\.metadata\.plugins\org.apache.axis2.facet\下复制到之前的Workspace,再将eclipse切换到原来的Workspace就可以了
5、删掉新建的Workspace