花土沟镇位于青海省海西蒙古族藏族自治州西部，与新疆接壤，属于柴达木盆地西缘。花土沟镇上的海拔并不高，只有2690米左右，与格尔木市相差不大，但辖区周边有高山，海拔高于3000米。花土沟的气候也与格尔木市相差不大，都是大陆荒漠型气候，干燥少雨，昼夜温差大。地广人稀，比较荒凉。
