请问我们单位每月先预发部分工资，年底发齐工资。该如何缴个人所得税

我觉得你单位这种情况 ，5万元最好按年终一次性奖金
计算公式如下：
　　1.如果雇员当月工资薪金所得高于（或等于）税法规定的费用扣除额的，适用公式为：
　　应纳税额＝雇员当月取得全年一次性奖金×适用税率-速算扣除数
　　2.如果雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额的，适用公式为：应纳税额＝（雇员当月取得全年一次性奖金-雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额）×适用税率-速算扣除数

这样发放是比较吃亏的，因为个税是按月收入计算的，你们可以把每月预发工资定成3500元（扣除五险一金后）。剩多少年底再发，这应该是税负最少的方法了。年终一次性奖金是可以除以12的。

《个人所得税法》第九条　扣缴义务人每月所扣的税款，自行申报纳税人每月应纳的税款，都应当在次月七日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。
　　工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，由扣缴义务人或者纳税义务人在次月七日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。特定行业的工资、薪金所得应纳的税款，可以实行按年计算、分月预缴的方式计征，具体办法由国务院规定。
《个人所得税法实施条例》　第四十条　税法第九条第二款所说的特定行业，是指采掘业、远洋运输业、远洋捕捞业以及财政部确定的其他行业。
　　第四十一条　税法第九条第二款所说的按年计算、分月预缴的计征方式，是指本条例第四十条所列的特定行业职工的工资、薪金所得应纳的税款，按月预缴，自年度终了之日起30日内，合计其全年工资、薪金所得，再按12个月平均并计算实际应纳的税款，多退少补。