在中国，如果法律法规没有明确规定不允许的，在实际操作中我们应该认为是允许还是不允许。

民事上是法无禁止即可为
刑事上是法无规定不为罪
行政法中是法无规定即禁止

允许，这是对一般公民而言，对行政单位那就是不允许

法律规则分为：
1、强制性规则：不问行为主体意原必须加以适用的。包括命令性规则和禁止性规则两类。如民法通则第四十七条：企业法人解散，应当成立清算组织，进行清算。或者第七十二条：财产所有权的取得，不得违反法律规定。
2、任意性规则：可以自由选择做不做或者怎么做。如：当事人可以在合同中约定，一方违反合同时，向另一方支付一定数额的违约金；也可以在合同中约定对于违反合同而产生的损失赔偿额的计算方法。

而你举例的“财政部有规定”就《残疾人就业保障金 管理暂行规定》第六条 “保障金”专项用于下列开支：(四)经同级财政部门批准，适当补助残疾人劳动服务机构经费开支。
这里我们可以认为，这是一个命今性规范。意为保障金只能用于“下列开支”第四项就是之一。

那么接着看这个规定：第十一条 各省、自治区、直辖市可以根据本《规定》制定具体实施办法，并报财政部、中国残疾人联合会备案。
这条规则，在法律上叫做，委托性规则。即是法规本身没有明确规定，而是委托其它机关来制定相关规定。

这样结合一看。你说的“省里面文件”明显就是依据“第十一条”来规定的。它规定“不允许”实际上是可以认为符合“经同级财政部门批准”这样一个条件的，因此，这里面，财政部的规定与省里面的文件，之间是没有冲突的。

当然，如果他们之间真有冲突，怎么办？从法律上讲应当以位阶高的（即全国性的），高于位阶低的（即地方性的）为准。