分子化石原称化学化石（Chemical Fossil），是指古生物的有机成分经分解后形成的仍残留在岩层中的有机化合物。它们具有一定的分子结构，还保留了一些来自活体生物的信息，故也称为生物标志物，如常见的氨基酸、脂肪酸等。分子化石多用于石油勘探以及追溯有机物来源等科研领域，很少见于观赏石领域。
