单位犯罪案件中只起诉个人的应该如何处理

单位犯罪的主体包括公司、企业、事业单位、机关、团体；单位犯罪必须是在单位主体的意志支配下实施的； 单位犯罪必须由刑法分则或分则性条文明确规定。对单位犯罪的处罚原则：我国刑法对单位犯罪的处罚以双罚制（即对单位和单位直接责任人员均处以刑罚）为主，以单罚制（即只处罚单位直接责任人员）为辅。单位犯罪一般在经济类犯罪较多。例如第176条非法吸收公众存款罪；第177条伪造、变造金融票据罪；第190条逃汇罪；第191条洗钱罪；第198条保险诈骗罪；第201条逃税罪；第213—219条侵犯知识产权罪；第221—230条扰乱市场秩序罪。当然还有其他的单位犯罪，刑法条文中都有相关规定。
如果以单位名义进行犯罪，结果是为了个人的利益，就不能认为是单位犯罪，而是单位内部成员个人的犯罪。如果犯罪行为的实施没有与单位的工作或业务相联系，就无法认定这种犯罪行为与单位之间的关系。依照1999年6月18日最高人民法院《关于审理单位犯罪案件具体应用法律若干问题的解释》，在司法实践中，下列行为，均不应视为单位犯罪，而只能以自然人犯罪处罚：（1）个人为进行违法犯罪活动而设立公司、企业、事业单位实施犯罪的；（2）公司、企业、事业单位设立后，以实施犯罪为主要活动的；（3）盗用单位名义实施犯罪，违法所得由实施犯罪的个人所得或私分的。目前，在我国司法实践中常见的单位犯罪，主要是由单位集体决定或者由单位的领导人员决定，而由单位内部人员具体实施的。

单位犯罪的要追究单位主要负责的管理人员和其他直接负责人员的刑事责任。应当起诉单位及其主要负责人。