公证处不会办理，因为你们在民政局存档的只有前一份，而补充协议民政局应该不会让你们存档，因为你们已经离婚了，后面的离婚协议就不管了，只会存档你们离婚时的那一份。后一份的法律效力是有的，但并不足以让公证处给你们办理公证，如果你们起诉到法院则可以做为有效力的证据，后来的补充协议，只要是双方自愿协商签定的，那么对夫妻双方肯定是有约束力的，如果补充协议和原协议有不同的地方，应视为对原协议的修改。只不过，经过民政部门备案的协议，在效力上确实会比私下达成的效力高。但这仅仅体现在对外的效力上，而对内效力，也就是夫妻前的效力应该是一致的，因为不涉及到保护利害关系第三人的问题。因为在夫妻财产的处分上，会涉及夫妻共同债务的承担。如果你们二人想使被充协议具有法律效力，可以拿着此补充协议共同到民政局，说明情况之后，把原协议撤回，重新签订协议即可，大可不必跑去办什么公证。
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