购房合同范本上记载有建筑面积、套内建筑面积和分摊面积，但是住宅一般是以套内建筑面积为计价标准，也就是合同上已经折算到套内建筑面积，单价也是套内建筑面积的单价；
但也有以建筑面积计价的，如果按照你的说法，需要你看清合同是否按照建筑面积计价，单价是否以建筑面积为计价基准。
另外，合同约定在实测现场测绘面（产权面积）和预测面积（合同面积）有出入时，如果超出范围在3%以内，则以实际面积结算，多退少补；超出3%的部分免费赠送。
所以，你的房子建筑建筑面积多出3平方米，相比合同建筑面积125，没有超出3%，所以按照合同有约定，你需要按照合同的单价缴纳3平方米的补差款。
办房证是要以最终房产部门确认核实的面积记载的，所以实测的面积可能和你合同约定的面积有出入是很正常的，需要签订补充协议，多交少退
这就要问法律的专业的人了，关于两个地方的矛盾以哪个为主，哪个的法律大，是谁的责任问题
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