只要毕业论文通过、毕业成绩符合就给毕业证,就业协议是不会影响毕业证的。你和那家私营药企是正式签订的就业协议书吗?如果正式签订,而私企又不具备档案管理权,那么你需要做的是和公司办理解约手续,到学校重新换取新的就业协议书,再找一家人才市场,与人才市场签订就业协议书,那么报到证就会派遣到人才市场,档案也会转到人才市场,这样是可以保留干部身份的。如果没有正式签订,那直接与人才市场签就业协议就可以了。或者不签就业协议,报到证就会直接派遣到生源地的人力资源和社会保障局,一定要及时办理档案关系,就可以保留干部身份。