重装系统后以前的软件还有。但是软件卸载不显示！

你所说的这些在程序安装与删除里找不到的程序，应该是你在重装系统前就在你电脑里的吧？
有些软件的使用应该不受影响，比如暴风影音之类的，点启动程序应该是可以用的。
有些软件受到影响不能用的的，如果安装文件夹里有卸载程序，试一下，能卸载就直接卸载。不能的话就整个删除文件夹吧，应该没什么影响，它原来注册到系统中的一些信息随着你重装系统应该也没了。
重新覆盖安装，我觉得好像会有点残留文件，不如删除再安装来的干净。

没有卸载干净。
安全完整卸载方法
1.点击电脑左下角开始。

2.找到控制面板。

3.打开控制面板后找到 添加/删除程序。

4.打开后，可以看到电脑上的软件全在这。
点击后面 更改/删除 就可以安全完整的删除软件。

5.然后重新安装后就没有先前的数据。

根据你讲的内容来看，你原来的软件都安装在其它盘不在现有系统盘中（C盘下）。你如果需要卸载原来的软件，你可以找到原来软件安装地址，在里面找到自带的卸载程序卸载；有些软件可以不安装继续使用，可以发一个快捷方式到桌面上继续使用。有些软件可以通过重新安装保留原有设置再使用。如果没有自带的只有直接删除整个文件夹了。直接删除的后果是，增加硬盘空间。覆盖安装是保留原有设置数据，但必须路径一样（如QQ，保留了账号和下载的表情等等）。

系统重装后 除c盘外 你其他盘安装的软件还在 只是C盘的注册表没了 所以你在删除软件的时候
找不到（360和系统的都找不到的） 建议你去其他盘的Program Files文件夹中找到软件文件夹（这是你运行软件还能用，不过还是不能用360或其他卸载），一般的软件在安装文件夹中都自带卸载程序，实在不行自己删除文件夹

系统重装当然不会找到从前的软件，对新系统来说程序只是一些文件，如果软件是绿色的那么在新系统仍然可以用，否则要删除重新装软件。楼主提的两种方法都可以，不过推荐第一种，可以去掉多余的无用文件