检察机关自侦案件拘留应当按照刑事诉讼法办理。
《刑事诉讼法》第一百六十五条规定：人民检察院对直接受理的案件中被拘留的人，认为需要逮捕的，应当在十四日以内作出决定。在特殊情况下，决定逮捕的时间可以延长一日至三日。对不需要逮捕的，应当立即释放；对需要继续侦查，并且符合取保候审、监视居住条件的，依法取保候审或者监视居住。
检察机关自侦案件和公安机关的刑事案件一样，适用同样的羁押时间，即：传唤只有12小时，不得以连续传唤的方式进行变相羁押。传唤结束后，根据案情可以进行刑事拘留，拘留时间一般是3天，特殊情况的，可以延长1-4天。对于案情特别重大等其他情形，经省级人民检察院批准，可以延长至30天。刑事拘留期满后，侦查机关可以提请上级检察机关进行决定逮捕。逮捕后，侦查机关有两个月的侦查期限。经省级人民检察机关批准后，可以延长两个月的侦查羁押期限。
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