应该是违反程序，《责令改正指令书》要求10日内改正，经复查后存在的安全隐患没有及时整改，应下发《行政处罚告知书》。
这样的处理方式应该是不违法程序的。按照国家安全生产监督管理总局令第17号《生产安全事故应急预案管理办法》第三十五条规定：生产经营单位应急预案未按照本办法规定备案的，由县级以上安全生产监督管理部门给予警告，并处三万元以下罚款。关键是一个“并处”，何况你还没有应急预案呢！
