根本区别在于所调整的法律关系不同。民法调整的是民事法律关系。
首先关系的主体都是平等的，是公民、法人和其他组织之间发生的；其次关系的内容是民事权利义务，具体来说主要是经济关系，比如合同、买卖、物权变动等，次要的是人身关系，比如婚姻，继承等。
刑法调整的是刑事法律关系。关系的主体是不平等的，一方是掌握司法权的国家司法机关，另一方是普通公民、法人或其他组织。国家司法机关认为公民等主体犯有严重危害社会安全的行为，所以要对其处以刑事处罚；而公民为了维护自己的合法权益，对抗司法机关的不当侵害，则运用刑法与司法机关抗辩。
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