A、基因重组为生物进化提供原始的选择材料，不决定生物进化的方向，A错误；B、用进废退是拉马克的进化论观点，现代生物进化理论的核心是达尔文的自然选择学说，B错误；C、获得性遗传是用进废退学说的核心内容，现代生物进化理论的核心是达尔文的自然选择学说，C错误；D、自然选择使种群的基因频率定向改变，并决定生物进化的方向，D正确．故选：D．
