法院的判决有效。因为自治区政府的文件的效力低于法院判决所依据的法律的效力，所以法院的判决有效
判决书下来后，政府再出台什么条例也必须要按照判决书上写的去做，区政府的文件是没办法与法院的判决书相比的，他们必须要无条件执行判决书。你现在可以跟劳动保障局说，如果再不执行判决书内的义务的话，就去法院的行政庭提出行政诉讼，起诉费50元而已，行政诉讼一般都特别便宜。把劳动局当成被告，要求他们履行应尽的义务。 还有，刚才看到你说的市政府是市法院的上级部门，这是错误的，在法律上他们是同级的，一府两院，你没听说过吧，政府、法院、检察院，在法律的问题上谁也管不着谁的，而政府经常被当成被告，法院也经常判决政府输呢。
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