依据国务院590号令精神，房屋征收是征收人对房屋的所有权人进行补偿，被征收房屋被法院查封可能是由于债务纠纷被抵押冻结，因此房屋查封不影房屋所有权人对征收补偿及签订补偿协议，但法院可以对补偿协议的适当金额进行保全冻结，如果选择产权调换的也可以对安置新房保全冻结待经济纠纷解决后再解冻。
若在规定期限内征收人与被征收人不能达成协议，征收人可单方作出《补偿决定》并申请法院裁定，经裁定后可以强制搬迁并保全冻结《补偿决定》中给予的货币补偿或产权调换的房屋，直至查封房屋的经济纠纷解决解冻。
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