请仔细看你的预售合同，是如何约定。合同规定面积误差3%，是什么概念？是在这范围内，都不用补差价？还是在这范围内要补差价？你是希望购买的房子小于90平方米？但测绘报告已经是无法改变的事实了，你只能与开发商协商，更换房子。最重要的还是要看你们的合同是如何约定的，比如超过预售面积，是否可以选择换房或者退房等。
补交面积：请查看自己和开发商签定的预售合同，上面应该有约定，一般超出不补，如果合同上写了要补的话，那肯定要交；
契税：面积大于90平，契税会补交，这个肯定得交；
我是做房地产的，你当初就是看中这个面积可以省去一些税才买的，但没有考虑到误差3%的事，当初应该选择87平以下的，就没有问题了，现在没有办法了，只能交税！
呵呵 这个很简单，去房管局询问。期房时是房管局根据图纸预测算的，交房时是房管局根据现场实测的，所以两个数据就有个差值。这个差值超过了规定的面积误差，你先找找房管局看他怎么说，如果他说按他们说的算，那你再找开发商，给你补偿呗。
可以跟开发商商量，看是否能够补交房款，但不更改房产证面积数。仅供参考。
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