美国和伊朗敌对的历史根源在哪里？

应该是两伊战争。

1979年伊朗爆发伊斯兰革命，伊朗政府强调要向所有伊斯兰国家“输出原教旨主义的伊斯兰革命”，公开号召占伊拉克人口60％的什叶派“进行伊斯兰革命”，推翻伊拉克现政权建立“伊斯兰共和国”。伊拉克则支持伊朗境内少数民族如库尔德族的民族自决要求。侯赛因试图完全控制位于波斯湾西北部的阿拉伯河，该水道是两个国家重要石油出口通道。美国为萨达姆提供武装并支持其向这一有争议的地区发动进攻，试图以此遏制刚刚通过革命上台并强烈反美的伊朗政权。 而在1975年，美国国务卿基辛格曾支持伊朗国王对当时在伊拉克控制下的水道发动进攻。伊拉克和其他阿拉伯国家还担心伊朗1979年二月革命产生的武装政权向周边地区扩散。导致两伊战争的另一因素是两国领导人的野心。伊朗宗教领袖霍梅尼试图将他领导的伊斯兰原教旨主义运动推广到整个中东地区。不过由于伊朗革命才成功不久，这方面的尝试还十分有限。 对萨达姆而言，他掌权时间不长，正试图使伊拉克获得地区霸权地位。伊朗战争的成功可以使得伊拉克成为海湾地区的霸主并控制石油贸易。军队内部清洗和美制装备零件严重缺乏都很大地影响了伊朗曾经强大的军力。另外，阿拉伯河地区的伊朗防御也很薄弱。随着政治、宗教的矛盾激化和边界武装冲突的加剧，1980年9月22日，伊拉克利用伊朗支持的对当时伊拉克外长阿齐兹的刺杀企图为借口，抓住机会发动进攻,至此两伊战争就全面爆发了。自从战争爆发后，引起了世界人民特别是阿拉伯国家的密切关注。

伊拉克在从苏联获得了很大外交和军事上的支持。阿拉伯国家主要是科威特和沙特阿拉伯则提供了经济援助。 另外，美国也偏向伊拉克，向其提供武器和经济援助。自1985年起，美国在出售给伊拉克武器的同时也出售给伊朗。这引发了后来里根政府的伊朗门事件。
这场战争进行得十分惨烈。战争双方都常常使用类似于一战中的人海战术攻击。伊拉克使用了包括塔崩毒剂在内的化学武器。尽管伊拉克率先挑起战争和使用化学武器， 国际社会对其并没有施加太大的压力。
1982年6月，伊朗发动的一系列反攻夺回了伊拉克在战争初期占领的土地。伊拉克鉴于可能被彻底打败，向伊朗提出休战的建议。此时，伊朗试图打垮伊拉克政权，因此拒绝了这一建议。这样导致战争又进行了六年。
在此期间，西方海军力量介入该地区，试图保护海湾航道畅通。由此导致伊朗导弹攻击美国斯塔克号护卫舰；以及美国文森斯号巡洋舰击落伊朗民航客机，290名乘客和机组人员丧生。
综上所述，伊朗门事件和伊朗导弹攻击美国护卫舰可能是导致美伊敌对的历史根源。

宗教。
伊朗视以色列为头号敌人，而犹太财团在美国的影响力大得超乎想象。