A与B均是公房承租人，单位是产权单位，按法理产权人也就是出租人有权变更承租人，人民法院不会用公权干预产权人的相关决定。根据你说的情况A可能不在该房居住另外有房，单位变更承租人很正常。最好协商解决再变更在A名下，否则不好办了。
打官司有个问题，A由于单位变更了承租人也不违反法律规定，赢的可能性不大。
公房拆迁补偿一般来说只认登记的房屋承租人。而且法院不会受理因为公房租赁关系问题导致的纠纷，这个只能有公房所有人决定。
私自协商?应当签订变更协议的。
综合考虑变更协议的效力。
个人感觉按远合同较为妥当。
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