漫画主要分成上、下部和短篇集三个部分。第一部19个长篇故事,27册单行本。 2000年出版《新版金田一少年事件簿》(10册的单行本),共7个长篇故事。2004年时,又出了一个单独的故事《吸血鬼传说杀人事件》。2005年又出了《歌剧院第三杀人事件》
漫画开始没有一个明确的主线,每个故事都是独立的。直到上部的第15个故事《魔术列车杀人事件》中,天才罪犯高远遥一的出现,才使这个系列有了主线。
第一案:歌剧院的幽灵
第二案:异人馆村杀人事件
第三案:雪夜叉传说杀人事件
第四案:学园七不可思议杀人事件
第五案:秘宝岛杀人事件
第六案:悲恋湖杀人事件
第七案:异人馆旅馆杀人事件
第八案:绞首之学院杀人事件
第九案:导弹机关宅邸杀人事件
第十案:金田一少年的杀人
第十一案:塔罗山庄杀人事件
第十二案:蜡人形城杀人事件
第十三案:怪盗绅士的杀人
第十四案:墓场岛杀人事件
第十五案:魔术列车杀人事件
第十六案:黑死蝶杀人事件
第十七案:法兰西银币杀人事件
第十八案:魔神遗迹杀人事件
第十九案:速水玲香诱拐事件
短篇第一案:冰点下15度的杀意
短篇第二案:是谁杀了女神?
短篇第三案:1/2的杀人者
短篇第四案:圣诞夜杀人事件
短篇第五案:镜迷宫杀人事件
短篇第六案:金田一二三诱拐事件
短篇第七案:金田一二三的冒险
短篇第八案:消失在雪地里的赎金
短篇第九案:胶卷中的不在场证据
短篇第十案:杀人餐厅
短篇第十一案:染血之泳池杀人事件
短篇第十二案:亡灵学校杀人事件
短篇第十三案:瞬间消失之迷
短篇第十四案:妖刀毒蜂杀人事件
短篇第十五案:怪盗绅士的挑战信
短篇第十六案:女医生的阴谋
短篇第十七案:谁是真凶
短篇第十八案:共犯X
短篇第十九案:迷路的恶魔
短篇第二十案:金田一少年的噩梦
剧场版第一案:歌剧院新杀人事件
剧场版第二案:杀戮之深蓝
接下来是新版
新版第一案:魔犬森林杀人事件
新版第二案:银幕之杀人鬼
新版第三案:天草财宝传说杀人事件
新版第四案:雪影村杀人事件
新版第五案:卢西亚人偶杀人事件
新版第六案:怪奇马戏团杀人
最后一案:金田一少年敢死之行
从此单行本完结,金田一一个人出去旅行
复活连载(不连续的连载,在侦探学园Q中间夹杂连载)
复活第一案:吸血鬼传说杀人事件
复活第二案:歌剧院第三杀人事件
除了这些以外,跟金田一有关的漫画还有明智警视少年之事件簿
明智警视少年之事件簿第一案:急速列车杀人事件
明智警视少年之事件簿第二案:扑克牌杀人事件
明智警视少年之事件簿第三案:图书馆的秘密
明智警视少年之事件簿第四案:绝顶聪明的推理
明智警视少年之事件簿第五案:古典乐团杀人事件
明智警视少年之事件簿第六案:幽灵酒店杀人事件
明智警视少年之事件簿第七案:幽灵剑士杀人事件
少年记事簿一共5本
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