我们单位9月发工资仍按2000元的版本扣税，可是国家不是明文说9月发8月的按3500扣税吗

深圳地税局有出文件(关于贯彻实施新个人所得税法有关申报征收衔接事项的通知)摘要如下(你可咨询当场地税局):
（一）如“所得期间（税款所属期）”填写为“201108”，系统将按2000元减除费用和旧9级累进税率表计算工薪所得应纳税款；如填写为“201109” 及以后月份，系统将按3500元减除费用和新7级累进税率表计税。
（二）“所得期间（税款所属期）”的填写应遵守个人所得税收付实现制的原则。例如：国内人员2011年8月份工资于9月发放，按税法规定应在次月（10月）申报，此时应填写“所得期间”为“201109”，系统就会按3500元减除费用和新7级累进税率表计算工薪所得应纳税款；如果上述扣缴单位在9月份提前申报时，将“所得期间”错填为“201108”，会造成系统仍按2000元减除费用和旧9级累进税率表计税。
对未按照上述收付实现制原则申报的扣缴单位，今后应当依法调整。如8月份工资在9月发放，“所得期间”应填写为“201109”而不是“201108”，并在10月份申报。上述调整会导致这些扣缴单位在地税信息系统缺少“201108”所属期的申报数据，但不影响今后申报征收。

只要是2011年9月发放的工资都是按3500的基数扣除

是呀。