质量管理体系文件的编制可以按公司的部门来规划吗？如人力资源管理标准、采购部管理标准等。

完全可以。
一个企业能够正常运转，能够提供合格的产品和服务，就说明本身就存在质量管理体系，ISO9001是规范企业的质量管理体系，对照国际标准弥补在某些方面的差距和不足，不是必须按照标准的条款再机械地编写一些叫做程序的东西，标准是为人服务的，我们所做的工作不是去迎合标准，迎合认证。此前已经存在的一些规章制度如果已经包含了标准的要求，流程清晰，就没有必要再去编什么文件。近几年，认证机构的思路也在转变，文件层次的概念在逐步淡化，形成程序的文件不一定就叫什么程序，叫制度、办法、规定、标准、流程等什么都可以，以前已经的形成的有效的文件直接用就可以了，不一定要改。我不建议在程序文件、作业文件的概念方面纠缠不清。如果审核员非要纠缠这些问题，这样的审核员就太不称职了。

一般分三级，一级是手册，二级是程序，三级是管理制度

完全可以，一般作为第三类文件，程序文件只是一种体系使用的说法，你不必太在意，没有部门管理标准是可以的

我们就是按部门来做的，但现在比较流行的是按过程编制，你所指定标准应该作为第二类文件，及程序文件进行管理。

也可以，但最好不要按照部门来规划。
原因：按照TS16949质量管理体系要求，已标准要求主过程规划比较好，这样做分类清晰，便于外部审核时查阅而且不会缺项。
部门管理标准视情况应转化成为相应二、三类文件。
在我的具体策划中，部门中如果有多种三类文件的，可以编制成册放在二类文件中。例如：人力资源管理标准及人力资源相关文件可形成人力资源管理手册，作为人力资源主过程的二类文件。外部审核方也会认可。