《民法通则司法解释》和《物权法》冲突，应该按那个处理

我理解为，并不冲突，两个条款都体现出：首先优先考虑按按份共有处理，在不能证明是按份共有或是共有人具有家庭关系等情况下，方按共同共有处理。
《民法通则》第88条算是对《物权法》第一百零三条规定的情形之外的情况的补充规定。
比如：具体操作中，按照“后法优于前法”的规则，先按照《物权法》第一百零三条规定按份共有来处理，共有人各自究竟具体持有多少份额，在无法认定的情况下，只能按照《民法通则》第88条规定来处理。

根据《最高人民法院关于废止2007年底以前发布的有关司法解释（第七批）的决定》，《最高人民法院关于贯彻执行《中华人民共和国民法通则》若干问题的意见（试行）第88条、第94条、第115条、第117条、第118条、第177条废止。应适用物权法的规定

物权法中“其他相关法律对物权另有特别规定的，依照其规定” ，民法中关于共有的规定与物权法相冲突，不是“特别规定”，而是应被物权法中关于共有的规定替代的条款。根据新法优先于旧法、特殊法优先于一般法的原则，关于同有的规定应适用物权法。

“新法优于旧法”、“一般法优于特别法”，建议采用物权法规定

按新的，特殊的处理，也就是按物权法