黑心博士计划总失败，发现是蓝多多搞鬼，俩人互相斗争，却不分伯仲，但最后，蓝多多被黑心博士押进实验室。孩子们四处找蓝多多，没了超能力帮助，大家学会了自己的超能力，发现了蓝多多，包子也发现黑心博士是自己的爸爸。蓝多多明白后用水晶治好了黑心博士和包子，同时唤醒了水晶的力量，大家正高兴时，外星怪物开始进攻了，蓝多多一人之力不行，校长却占了出来，唤醒了大家的超能力，原来学生们都是外星人，是各个星球派来志愿的，最后大家一起使用超能力，保住了地球和比特星。
蓝多多从古拉身上发现了土元素，找到源水晶拯救了包子一家。蓝多多回比特星救出了他的爸爸妈妈，比特星人用源水晶把黒星人打倒黑洞里了。最后蓝多多回来与地球上的朋友告别。蓝多多走后会把他们关羽蓝多多的记忆全部消除，又分别给了古拉，古丽，包子，费老师礼物。（没有蔡小豆的）。告别之后智慧女神出现。蓝多多如果留在地球就会消失法力，星际精灵的资格也会剥夺。但蓝多多选择了友情。留在了地球。可是他的鼻子不再翘，耳朵不再尖。
最后源水晶找到了，比特星恢复了。蓝多多变成地球人，跟小豆一起生活。
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