答案是：C 。
A错，黑色与灰色桦尺蠖为同一个物种，不存在共同进化一说；
B错，超级细菌感染病例的出现，是因为抗生素的滥用促使细菌中原有的抗药性基因的频率不断提高的结果，在这个过程中，抗生素起到了选择的作用；
C正确；
D错，生物进化的基本单位是种群。
A、不同物种之间，生物与无机环境之间，在相互影响中不断进化发展叫共同进化，黑色与灰色桦尺蠖为同一物种，A错误；
B、基因突变是自发的，与抗生素的使用无关，B错误；
C、不同物种之间存在生殖隔离，C正确；
D、种群是生物进化的基本单位，D错误．
故选：C．
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