申请人对经国务院批准实行省以下垂直领导的部门作出的具体行政行为不服的，可以选择向该部门的本级人民政府或者上一级主管部门申请行政复议；省、自治区、直辖市另有规定的，依照省、自治区、直辖市的规定办理。"选C就在于“省、自治区、直辖市另有规定的，依照省、自治区、直辖市的规定办理”
在07年之前实践中是有疑问的。但行政复议法实施条例出来以后就明确了。08年考这个题就是为了考察新出的实施条例。
《行政复议法实施条例》第24条，申请人对经国务院批准实行省以下垂直领导的部门作出的具体行政行为不服的，可以选择向该部门的本级人民政府或者上一级主管部门申请行政复议；省、自治区、直辖市另有规定的，依照省、自治区、直辖市的规定办理。
1998年11月24日国务院国发(1998)41号文件：“省、自治区、直辖市工商行政管理局为同级人民政府的工作部门；地(市)和县(市)工商行政管理局为上一级工商行政管理局的直属机构。” 所以工商局是省级以下垂直领导，因此适用复议法实施条例24条。而不适用复议法第十二条。
这可以理解为特别法优于普通法，但楼主追问得对，即使这样，也不能下位法冲突上位法，那就要把这个问题的本源说一下。
《行政复议法》第十二条第二款规定：“对海关、金融、国税、外汇管理等实行垂直领导的行政机关和国家安全机关的具体行政行为不服的，向上一级主管部门申请行政复议。”这里奇怪的是，行政复议法出在国务院关于工商局垂直领导的文件以后，但却没有在规定中列举工商局，要知道工商局在国内的地位可比外汇管理局高多了。所以这里面是有立法意图的。实践中一直有人将该条里的“等”适用于工商局，因为法律里的“等”有很多种解释方法。2000年2月29日国家工商行政管理总局甚至自己出了个文：工商法字(2000)第37号文件《关于行政复议案件管辖权问题的答复》，明确：“对省以下工商行政管理机关作出的具体行政行为不服申请的行政复议，应由上一级工商行政管理机关管辖。”但问题是，国家工商行政管理总局的文件，很难对市、县级政府有约束力，实践中没人理，争议很大。所以，国务院出的这个实施条例的24条实际上就是专门为解决工商局这个争议出的，应该说，是对立法原意的表达。由于行政复议法十二条没有明确列举工商局，工商局又不属于完全垂直领导，与列举的海关等部门有明显区别，“等”字又可以做范围解释，因此实施条例24条不算做对上位法的冲突也是解释的通的
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