偶的情况和你差不多。从四川毕业后到天津上班。半年后离开到北京。后来回天津问了下派出所,转户口与档案无关系,找到可接收你户口的当地派出所开个接收手续就可以回去转户口了。所以可先转户口,然后再去专长虑档案问题。
那你就按照深圳的意思办,现在南京单位辖区的派出所开出户口准予落户的证明,你拿到深圳把户口先迁出,然后在去把档案也迁出,直接一起全部转到南京的单位。这个事情应该是自己本人亲自去办理,不能邮寄办理。
每个省的要求不一样的,得问问学校或者人才市场。