琉球族的起源众说纷纭,学术界上还没有确切的定论。其中有一种说法称琉球族是百越的后代。在《越绝书》中,百越分为“内越”和“外越”两支。秦朝灭亡六国之后,独外越不服,乘船避难于海上。秦始皇不得不调天下罪人赴东海,防备外越。由于秦朝的防备极其严厉,外越只能出海另谋生路。有中国学者认为,东海外越中的一部分可能到达台湾、琉球和日本九州岛南部,成为台湾原住民、琉球族和大和族的祖先。
西方学者则提出了一种说法,认为上古时代的琉球族与印尼或澳洲的原住民同源,属马来人的分支。而日本学者则认为琉球人与阿伊努人、大和族同源。
还有一种说法认为琉球族自日本列岛迁入,为日本人的一个分支。此说法被称为“日琉同祖论”。在日本僧人所撰的《镇西琉球记》和另一部曲亭马琴所著的日本小说《椿说弓张月》中,提到了日本镇西八郎源为朝在保元之乱后逃往琉球的故事。琉球摄政向象贤所编撰的《中山世鉴》亦称琉球舜天王是源为朝在琉球所生的儿子。此后的《中山世谱》系由《中山世鉴》汉译而成,亦沿用了这种说法。因《中山世鉴》官修史书的地位,日琉同祖论为许多日本人和一些琉球人所接受。一些著名的琉球人,如向象贤、向有恒、伊波普猷等,是日琉同祖论的支持者。但日本的《保元物语》中没有提到源为朝渡琉一事,而《中山世鉴》编撰之时琉球已沦为日本萨摩藩的附庸国,因此有人认为此事系杜撰。中国学者陶元珍亦是日琉同祖论的著名反对者,称“琉奸向象贤伪造出日人源为朝乃舜天王之父的谬说”,“实极可恨”。
而在日本江户时代,又有另外一种“日琉同祖”的说法,认为琉球人也是中国古籍中所提到的“倭人”的一支。这种说法于1719年由新井白石提出。在《南岛志》的总序里,认为《山海经》与《海外异记》二书中提到的“南倭”即是琉球,并以一些琉球的歌谣和古语进行论证。在写于1781年的《冲口发》中,藤贞干更是认为琉球惠平也岛的天孙岳(クマヤー洞窟)是日本神话中“天孙降临之地”,神武天皇由该岛出发进行东征。此种说法诞生后,立即受到其他学者的质疑。本居宣长在其著作《钳狂人》(1785年)中,对此说法进行反驳。
琉球人不属于汉族,是马来或印尼的先民迁移过去,可能会混有一定的汉人血统。
琉球居民不属于汉族的血统,他们是当地的土著居民。有一部分人曾是汉族的混血。
黄白人种,阿尔泰语系。
琉球人和日本人是两种人,日本为了吞并琉球,就硬说琉球人像日本人,肯定是一家,但当时就被琉球人一一反驳。有分析说,琉球人很像北海道人,但北海道人就是以前的中国虾夷人,更不是日本人了。北海道和琉球在19世纪,相继被日本吞并。