真菌是主要的植物病原微生物,许多真菌都可以引起植物病害。如由藻状菌中的致病疫霉(Phytophthorainfestans)引起的马铃薯晚疫病,由子囊菌中的白粉菌引起的大麦、苹果和葡萄的白粉病,由担子菌中的锈菌引起的许多禾谷类作物的锈病及黑粉菌引起的小麦腥黑穗病、散黑穗病和玉米黑粉病等已成为世界性的严重作物病害,由半知菌引起的植物病害有棉花炭疽病、立枯病和黄萎病,水稻的稻瘟病和纹枯病等。几乎在大多数作物上,果蔬上和花卉上都能发现真菌引致的病害。许多真菌的无性孢子和有性孢子均能在植物上寄生。而无性孢子的大量繁殖和生长是病害蔓延和流行的主要原因,有性孢子的形成和它们在种子及残枝落叶中休眠或越冬是翌年发病的主要原因。在许多病原真菌的复杂的生活史中,一个阶段在寄主植物,另一阶段则在土壤或植物残留物中完成。病原真菌的侵染与温度和湿度有密切的关系。温暖潮湿的气候和土壤条件尤其有利于病原真菌的侵染和植物病害的蔓延,土壤pH值也对真菌的侵染和致病性有一定的影响。
能侵染植物并引起病害的细菌主要来自假单胞菌属、黄单胞菌属、土壤杆菌属、棒状杆菌属、欧文氏菌属和枝原体属等。病原细菌多由植物的自然孔口或伤口侵入,寄生于植物组织或导管中,常引起植物产生斑点、白叶、顶死、萎蔫、软腐和过度生长等病症。它们多能存活于植物组织或种子中,或进入土壤中营腐生生活。例如引起果树火疫病的解淀粉欧文氏菌(Erwiniaamylovora)就在树干或树枝的组织中越冬,到次年春天借昆虫和降雨再次传播。引起水稻白叶枯病的水稻黄单胞菌(Xanthomoasoryzae)除能在水稻秸杆上越冬外还能寄潜在种子颖壳、胚或胚乳表面,能在干燥条件下存活半年以上,因而还能随种子传播。引起蚕豆萎蔫病的栖菜豆假单胞菌(Xanthomonas.
malvacearum)能潜伏在蚕豆珠孔中随种子传播。引起棉花角斑病的锦葵黄单胞菌(Xanthomonasmalvacearum)则寄存在子叶外缘而随种子扩散。根癌土壤杆菌(Agrobzcteriumrumefaciens)可作为能在土壤中兼性腐生的代表,它在寄生时能使许多双子叶植物(如番茄、糖用甜菜和许多果树等)的根或茎部形成肿瘤
霜霉属是高等植物病害的专性寄生菌,危害蔬菜和油料作物。常见的为寄生霜霉。根霉属会引起甘薯软腐病。赤霉菌属中的大多数为危害农作物的寄生菌。冬孢菌纲可分为黑粉菌目和锈菌目。可寄生在多种植物上,引起植物病变,例如玉蜀黍黑粉菌、小麦散黑粉菌、禾柄锈菌。另外,还有半知菌亚门中的一部分种类也是农作物和森林病害的病原菌。