你父亲的顾虑不是多余的。虽然按照《婚姻法》的规定，夫妻间对财产进行约定后，一方取得的财产不会转化为共同财产。但如果你母亲先于现在丈夫去世，那么房产就成为遗产，按照《继承法》的规定，配偶、子女都是法定继承人，该房产就由你和继父共同继承（即各分得一半）。
要解决这一问题，你父亲的建议是一个办法，另外你母亲还可以另外立一份指定遗产继承的遗嘱，将房产指定你一个人继承。按照《继承法》的规定，遗嘱继承优于法定继承，有了遗嘱你继父对房产就不再享有继承权。
1、必须约定该房屋为你母亲的个人财产。
2、必须立有遗嘱由你继承该房屋，否则，即使是你母亲的个人财产，你继父同样可以作为继承人继承该房屋。
如果你父母在该协议中约定了房子将来由你继承，跟你母亲现在的丈夫及其子女无关，并且在公证处公证了该协议，那应该是没有什么问题的了，只要要好房产登记等手续就好了。
但是为了防止避免不必要的麻烦也可以直接将房子等在你的名下并作房产登记。
这两种方式都有法律效力的，只是要根据你们家的情况选择最适合的。
房屋购买时请求财产公正，并指定法定继承人就好了。
具体问题可以当面咨询律师解决.
请到最高人民法院解决
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