mkv是封装格式，非压缩格式。所以如果字幕用MKV封装而没有内镶的话是可以修改的。你可以先将mkv里的字幕提取出来修改。提取出来的字幕可以转换成ass,或ssa加特效，看你的习惯了。如果你会的话，任何一款时间轴软件都可以帮助你完成，popsub 比较容易上手，适合初学者，修改完了自己再封装一次就可以了。
具体的将mkv字幕分离，有很多方法，
为你推荐两个工具
MKVtoolnix
MKVextractGUI
点下面这个连接可以看怎么分离，他说的也比较详细了
还是不会？
那这里还有一个教程，帮你了解MKV
PS：外挂字幕有时无法正常显示是因为没有一个好的字幕显示滤镜！你的完美解码是很强大。但是不能忽视VOBSUB！~~如果你正确安装了VSFilter.dll这个滤镜，会减少很多外挂字幕的显示问题。
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使用mkvtoolnix软件当中的mmg工具，添加视频文件，添加字幕(srt, ssa, ass, idx+sub等格式)，混流，生成mkv文件，就是内挂字幕的了。
mkvmerge gui
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