总共有四个校区，集美大学银江校区也就是新校区（其他学院）、集美大学石鼓校区（财院）、集美大学印斗校区（师院、美术、音乐、轮机、水院、生工）、集美大学航海校区（机械学院、航海学院，成教院老校区）。银江校区就是本部，除了上述其他校区所在学院的专业不在本部，其余的学院的专业都在本部。电气工程在轮机学院不在本部，通信工程在信息工程学院在本部。
集美大学本部的专业有：外国语类专业、计算机类专业、体育类专业，政法类专业、文学院的专业、信息工程、工商管理类专业、理学院、成人教育、海外学院的专业。电气工程在轮机学院不在本部，通信工程在信息工程学院在本部。另外，它有轮机、航海、水产和财经四个国家级特色专业。
截至2013年9月，该校建有多个省部级重点实验室(工程研究中心)以及航海技术研究所、现代物流研究中心、海商海事研究所、船舶助航技术研究所、海上交通安全研究所、船舶工程技术研究所、自动化技术研究所、食品与生物工程研究所、环境工程研究所、经济研究所等等。
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